والقيم الإسلامية الأصيلة جماعتها عبأ ثقيلاً ممّا أدى إلى تشكيل خط معارض لحكومته، وانتهت هذه المعارضات إلى حدوث ثلاث حروب مع الناكثين والقاسطين والمارقين سنمرّ على كل منها مروراً سريعاً.

قتال الناكثين

وقد كان سبب هذه الحرب مع الناكثين (ناقضي العهد) هو انّ طلحةوالزبير اللّذين بايعا علياً قد طلبا منه أن يولّيهما اعمال البصرة والكوفة، ولكن الإمام رفض ذلك، و تركا المدينة سراً والتج آ إلى مكة وجيّشاً جيشاً بأموال بيت المال المختلس من قبل بني أُمية وانطلقوا نحو البصرة واستولوا عليها.

فتحرّك علي ـ عليه السَّلام ـ تاركاً المدينة للقضاء عليهم، وحدثت حرب طاحنة قرب البصرة انتهت بانتصار عليّ وهزيمة الناكثين، وهذه هي حرب الجمل التي لها مساحة كبيرة في التاريخ، اندلعت هذه الحرب سنة 36 هجرية.

قتال القاسطين

كان معاوية قد أعدّ ومنذ فترة سبقت خلافة الإمام علي ـ عليه السَّلام ـ مقدّمات الخلافة لنفسه في الشام، وما إن استلم الإمام الخلافة عزله عن الشام ولم يرض أن يقرّه عليها لحظةواحدة، وكان حصيلة هذا النزاع هو أن تقاتل جيش العراق وجيش الشام في أرض تدعى صفين وكان انتصار لجيش علي ـ عليه السَّلام ـ لولا معاوية وخديعته التي أحدثت تمرداً بين جيش الإمام. وفي النتيجة وبعد الضغط الكبير على الإمام علي ـ عليه السَّلام ـ من قبل جيشه رضخ لتحكيم إبي موسى الأشعري وعمرو بن العاص لكي ينظروا في مصالح الإسلام والمسلمين يبديا رأيهما،وقد كان الضغط على أمير المؤمنين لأجل قبوله بالتحكيم بدرجة انّه لو لم يقبل به لأودى ذلك إلى