الأئمةـ عليهم السَّلام ـ ازاء ثورات العلويين ينطبق إلى حد كبير على ثورة محمد النفس الزكية أيضاً، لأنّ ثورته هذه لم تخرج عن الطبيعة العامة لمجموع ثورات العلويين، ومن الطبيعي أن يكون موقف الصادق هو نفس ذلك الموقف الذي كان يتخذه الأئمّة ازاء تلك الثورات. وفيما يتعلّق بثورة النفس الزكية يجب إضافة انّ الإمام الصادق ـ عليه السَّلام ـ لم يوافق على تحركه ذلك انّ محمداً كان يستغل المهدوية ـ (اي انتظار ظهور الإمام المهدي الموعود من بيت النبوة وسمّي رسول اللّه...) لصالح ثورته على نطاق واسع، وكان أبوه وأصحابه ينطلقون من هذه النقطة في نشر دعوتهم، وهكذا أصبح هذا الاعتقاد عقيدة عامة في المجتمع.[1]

ولم يكن هذا الأمر بالشيء الذي يتغاضى عنه الإمام الصادق ـ عليه السَّلام ـ ، ففي الأيام الأخيرة من الحكم الأموي في اجتماع حضره مجموعة من العباسيين والعلويين ـ كعبد اللّه المحض وابنيه محمد وإبراهيم وأبي جعفر المنصور وصالح بن علي ومحمد بن عبد اللّه حفيد عثمان ـ في الأبواء انْتخب محمد النفس الزكية كقائد للثورة وبايعه الحاضرون ،فدعا أبوه عبد اللّه المحض الذي كان شخصية سياسية بارزة ونافذة ومن أسياد الحسنيين الإمام الصادق للمشاركة في هذا الاجتماع، ولمّا حضره أخبره عبد اللّه بما آل إليه الاجتماع فقال الصادقـ عليه السَّلام ـ : ما معناه: لا تفعلوا فليس اليوم زمان هذا الأمر فإن رأيت انّ ابنك