كيان الدولة العباسية وأخذ آل بويه بزمام الاَُمور في أكثر مناطق العراق لا سيما بغداد حاضرة العالم الاِسلامي يومذاك، وقد تألّق نجمها على يد نابغة العراق الشيخ المفيد (336 ـ 413هـ) والسيد المرتضى علم الهدى (355 ـ 436هـ) والشريف الرضي (359 ـ 406هـ).

ولما توفّي السيد المرتضى آلت زعامة حوزة بغداد إلى الشيخ الطوسي ودام هذا الاَمر إلى أن ضعفت واضمحلّت سلطة البويهيين ودخل طغرل بك الحاكم التركي بغداد، وأشعل نار الفتنة فيها بين الطائفتين،وأحرق دوراً في الكرخ، ولم يقتصر على ذلك بل قصد دار الشيخ وأخذ ما وجد فيها من دفاتر وكتب وأحرقها ،وأحرق كرسي الكلام، عندها هاجر إلى النجف الاَشرف فأسّس حوزة علمية فيها تقاطر إليها الفقهاء ورواد العلم من كلّ صوب وحدب واكتظت بهم، فصارت جامعة النجف الاَشرف بديلاً عن جامعة بغداد.

4. مدرسة النجف الاَشرف

إنّ هذه الحادثة الموَلمة التي أدّت إلى ضياع التراث الفقهي الشيعي وقتل الاَبرياء، دفعت بالشيخ إلى مغادرة بغداد واللجوء إلى النجف الاَشرف وتأسيس مدرسة علمية شيعية في جوار قبر أمير الموَمنين - عليه السّلام - ، وشاء اللّه تبارك وتعالى أن تكون هذه المدرسة مشعلاً منيراً لروّاد العلم على مر العصور.

المعروف أنّ الشيخ هو الموَسس لتلك الجامعة العلمية المباركة، وهذا أظهر من الشمس في رابعة النهار، بيد أنّه يظهر من النجاشي وغيره أنّ الشيخ ورد عليها وكان النشاط العلمي يدبُّ فيها يومذاك حيث يقول في ترجمة الحسين بن أحمد بن المغيرة: له كتاب «عمل السلطان». أجازنا بروايته أبو عبد اللّه بن