1. مسألة التحكيم:

إنّ أوّل خلاف ظهر بين المسلمين، وصيّـرهم فرقتين، هو مسألة التحكيم في وقعة صفين، والمسألة يوم ذاك وإن اصطبغت بصبغة سياسية لكن كان لها أساس دينيّ، وهو أنّ الخوارج خالفوا علياً عليه السّلام وانعزلوا عن جنده بحجّة أنّ حكم اللّه في الباغي، هو مواصلة الحرب والجهاد حتى يفيَ إلى حكم اللّه لا التصالح وإيقاف الحرب، وحجّتهم وإن كانت مردودة لاَجل أنّ التحكيم إنّما فُرِض على الاِمام، لا أنّه قبله عن اختيار وحرية، والخوارج هم الذين فرضوه عليه، ولم يكتفوا بذلك حتى فرضوا عليه صيغة التحكيم ووثيقته، وحتى المُحكِّم الذي يشارك فيه مع مندوب معاوية، إلاّ أنّ هذا الاعوجاج الفكري صار سبباً لتشكّل فرقتين متخاصمتين إلى عهود وقرون.

وبذلك يفترق اختلافهم مع اختلاف أمثال طلحة والزبير ومعاوية إذ لم يكن اختلافهم حول المبادىَ وإنّما طمعوا أن يكونوا خلفاء و ... ولذلك لم يثيروا إلاّ مشاكل سياسية دموية، بخلاف اختلاف الخوارج فإنّ اختلافهم كان حول المبادىَ وكانوا يردّدون كلمة «لا حكم إلاّ للّه» وكان علي عليه السّلام وحواريّه ابن عباس يحتجّان عليهم بالقرآن والسنّة.

وبظهور الخوارج على الصعيد الاِسلامي، ورفضهم التحكيم، طرحت مسائل أُخرى بين المسلمين شكّلت مسائل كلامية عبر القرون، وهي:

2. حكم مرتكب الكبيرة:

إنّ الخوارج كانوا يحبّون الشيخين ويبغضون الصهرين، بمعنى أنّهم كانوا يوافقون عثمان في سني خلافته إلى ستّ سنين، ولمّا ظهر منه التطرّف والجنوح