از مصاديق مهم رعايت مقررات و انضباط در جنگ، اطاعت از دستورات فرماندهان است. از اين‌رو، حضرت امام به رزمندگان مى‌فرمود:

اگر در جنگ بنا باشد از فرماندهى اطاعت نشود، مسلماً شكست‌خواهيم خورد. [1]

از ثمرات انضباط، اطاعت از فرماندهان است، [2]

همه، فرمان فرماندهان را اطاعت كنند. [3]

در شرايط بحرانى نيز به نيروهاى مسلح فرمود:

قواى [نظامى و انتظامى] بايد اطاعت از مافوق و حفظ سلسله مراتب را بكنند و در صورت تخلف، مجرم شناخته مى‌شوند و با احساس توطئه، دستور محاكمه در دادگاه‌هاى صحرايى را مى‌دهم. [4]

حضرت امام در ماه‌هاى پايانى جنگ در حكم تعيين جانشينى فرمانده كل قوا، جانشين خود را موظف به استفادۀ درست و قاطع از قوانين دادگاه نظامى در زمان جنگ و تنبيه افراد متخلّف در هر رده مى‌نمايد [5]و در آغاز جنگ نيز به متخلّفان و فراريان جنگ هشدار مى‌دهد و مى‌فرمايد:

فرار از جنگ از گناهان بزرگ، موجب مسؤوليت و تعقيب دراين دنيا و عذاب بزرگ آخرت است. [6]

و در فرمانى به رئيس سازمان قضايى نيروهاى مسلح مى‌نويسد:

يك-دادگاه ويژۀ تخلفات جنگ را در كليۀ مناطق جنگى تشكيل [دهيد] و