باش خلیفه ، عنوان رئیس منشیانی که در دورة عثمانی «خلیفه » خوانده می شدند، و نیز نام رؤسای بسیاری از اداره های همان دوره . این عنوان که در تکالیف قواعدی (ج 1، ص 210ـ211)، به صورت «سرْخلیفه » ضبط شده با عناوین «باشْقَلفه » و «قلفه بیگ »، یعنی رئیس و بزرگتر و باسابقه ترین منشیان ادارات ، وصف شده و، علاوه بر آن در پاره ای منابع به صورت «خلیفة اول » هم آمده است .
ابتدا رؤسای دفاتر مراکزی از قبیل پاسداران قراردادی ، اسلحه خانه ، اسلحه سازی ، و ینی چری بدین عنوان خوانده می شدند؛ امّا بعدها در مرکز توپخانة ارتش عثمانی سمتی به همین عنوان به وجود آمد؛ چنانکه برای منسوبان به این مرکز سمتهای رئیس ریخته گران و رئیس سازندگان ارابة توپ وجود داشت . رئیس کارگاه کشتی سازی نیز باش خلیفة ملاح ها نام داشت که متصدی تأمین و پرداخت مواجب و کارهایی مشابه آن بود. علاوه بر این ، پرسابقه ترین منشیان دوایر مالیه ، از قبیل «روزنامچة اول ، باش محاسبه و ضربخانة عامره »، نیز باش خلیفه خوانده می شدند.
انتصاب باش خلیفة دوایر مالی ، به پیشنهاد صاحبمنصبان بزرگ دولتی (خواجگان * )، از میان باسابقه ترین خلیفه ها صورت می گرفت . برعکس ، در مراکز نظامی و قرارگاه رؤسای ینی چری ، عزل و نصب باش خلیفه ، در حیطة اختیار رئیس های آن مراکز بود. باش خلیفه ها، جز در صورت ارتکاب خطاهای بزرگ ، معزول نمی شدند. با اینهمه ، در میان باش خلیفه های اخیر افرادی نیز بودند که بیشتر آماج افترا شدند و پس از یکی دو سال معزول شدند، ولی با تقدیم عرض حال ، اصلاح وضع موجود را خواستار شدند و توانستند مقررات عزل و نصب باش خلیفه های سایر اداره ها را نیز شامل حال خود سازند.
باش خلیفه های مراکز نظامی می توانستند به فرماندهی گردانهای ینی چری منصوب شوند. مثلاً در 1189، پس از مرگِ فرمانده دستة هشتم مرکز توپخانة «درگاه عالی »، ابراهیم علی ، باش خلیفة دستة پنجم ، جانشین او شد. در زمان سلطان سلیم سوم نیز، با تأسیس مدرسة نیروی دریایی سلطنتی (هندسه خانة ترسانة عامِره ) در 1212، احمد خواجه قاپْتان خلیفة اول آنجا شد. باش خلیفه ها از 1253 به صورت منشی بزرگ (ممیّز) یا سرمنشی (باش کاتب ) درآمدند.