رأسَ بعد أخيه الشيخ موسى و تصدّر للتدريس و الإفتاء مع كثرة مراعاة الاحتياط، مهيباً وقوراً، كثير الصمت ذاكراً للّٰه تعالى في أغلب أوقاته مواظباً على عبادته في نوافله و واجباته، آمراً بالمعروف ناهياً عن المنكر، لا تأخذه في اللّٰه لومة لائم. و كان أبوه يصحبه في أسفاره و يفديه بنفسه إذا عبّر عنه، كما يدلّ على ذلك رسالته الّتي كتبها في أصفهان باستدعائه، و كان مصاحباً له في سفره ذلك.

قرأ على أبيه و تخرّج به و تفقّه عليه. و أقبل على الأخذ منه و التخرّج به خلق في النجف و كربلاء، و كان يقيم في السنة ثلاثة أشهر أو أربعة في كربلاء في داره الّتي كانت فيها باستدعاءٍ من طلبتها للحضور عليه، فيزدحم عليه طلبة العجم الّذين يقرءون على شريف العلماء المازندراني؛ و منهم السيّد إبراهيم القزويني (صاحب الضوابط) و ممّن تخرّج عليه من مشاهير الفقهاء و الاصوليّين الشيخ مشكور الحولاوي، و الشيخ مرتضى الأنصاري، و الآخوند زين العابدين الگلپايگاني، و الشيخ جعفر التستري، و الشيخ أحمد الدجيلي، و الشيخ حسين نصّار، و الشيخ طالب البلاغي، و الميرزا فتّاح المراغي (صاحب العناوين) و أغلبها تقرير دروسه، و صهره السيّد مهدي القزويني، و ابن اخته الشيخ راضي ابن الشيخ محمّد، و السيّد عليّ الطباطبائي، و السيّد حسين الترك، و الحاج ملّا عليّ ابن الميرزا خليل الطبيب، و الشيخ مهديّ ابن المترجم و غيرهم.

لم يعن كثيراً بالتأليف في الفقه، قيل له في ذلك، فقال: أباني جيّده و أبيت رديئه. لم يصنّف سوى شرحه على الروضتين، جملة من أبواب البيع إلى آخر الخيارات، و طُبعت الخيارات منه فقط في طهران.

و في عصره اشتهر صاحب الجواهر حتّى صار يُعدّ نظيراً له، و لكنّه لم يَفُقْه. و يقال: إنّه لمّا كان أمر التقليد مردّداً بينهما اجتمع جماعة لتعيين الأفضل منهما، فرجّحوه على صاحب الجواهر، فسأل صاحب الجواهر بعضهم قائلًا: ما فعلت سقيفة بني ساعدة؟ فأجابه: قدّموا علياً! فاستقلّ الشيخ محمّد حسين بالتدريس من ذلك اليوم حتّى انتهت إليه الرئاسة؛ و كأنّه إلى ذلك يشير الشيخ عبد الحسين آل محيي الدين في أبياته اللاميّة الهائيّة، و ذكرت في ترجمة الشيخ محمّد ابن الشيخ