التنبيه في الإمامة، كتاب الرد على اليهود، كتاب في الصفات، كتاب الرد على أبي العتاهية في التوحيد في شعره، كتاب الخصوص و العموم و الأسماء و الأحكام، كتاب الإنسان و الرد على ابن الراوندي، كتاب الأنوار في تاريخ الأئمة(ع)، كتاب الرد على الواقفة، كتاب الرد على الغلاة، كتاب التوحيد، كتاب الإرجاء، كتاب النفي و الإثبات، كتاب مجالسه مع أبي علي الجبائي بالأهواز، كتاب في استحالة رؤية القديم تعالى، كتاب الرد على المجبرة في المخلوق و الاستطاعة، كتاب مجالسه مع ثابت (مجالس ثابت) بن أبي قرة بن أبي سهل، كتاب نقض مسألة عيسى بن أبان في الاجتهاد، كتاب نقض مسألة أبي عيسى الوراق في قدم الأجسام مع إثباته الأعراض، و زاد محمد بن إسحاق بن النديم على هذه الكتب في فهرسته، كتاب الرد على الطاطري في الإمامة، كتاب نقض مسألة الشافعي، كتاب الخواطر، كتاب المعرفة، كتاب تثبيت الرسالة، كتاب حدوث العالم، كتاب الرد على أصحاب الصفات، كتاب الحكاية و المحكي، كتاب نقض نعت الحكمة لابن الراوندي، كتاب نقض التاج على ابن الراوندي، و يعرف بكتاب الشبك، كتاب نقض اجتهاد الرأي على ابن الراوندي، كتاب الصفات». أقول: النسخة الموجودة عندنا من النجاشي سقطت منها كلمة (و الدين)، بعد قوله: (له جلالة في الدنيا) و هي موجودة فيما نقله التفريشي، و الميرزا، في النهج و الوسيط، و كذلك هي موجودة في الخلاصة: في القسم الأول، الباب 2، من فصل الهمزة (10) و في المجمع للمولى الشيخ عناية الله القهبائي، و في ذلك دلالة على وثاقة الرجل و لا أقل من حسنه. روى الشيخ(قدس سره) في كتاب الغيبة: بإسناده عن جماعة من بني نوبخت، عند بيان أحوال الثاني من السفراء الممدوحين حال الغيبة،(ص)226، (أبي جعفر محمد بن عثمان العمري رضي الله عنه): أنه من وجوه الشيعة