وبعد وفاة زعيم الشيعة في عصره السيد مهدي بحر العلوم سنة ١٢١٢ ه‌ / ١٧٩٧ م دفن في المسجد نفسه.

وفي عصرنا كان أحد أحفاد العلّامة بحر العلوم ، وهو المجتهد السيد محمد تقي بحر العلوم يقيم صلاة الجماعة في هذا المسجد التاريخي العريق. كما كان العديد من العلماء يعقدون حلقات التدريس فيه ، أمثال الامام الشهيد السيد محمد باقر الصدر ، المقتول سنة ١٤٠٠ ه‌ / ١٩٨٠ م.

وبعد وفاة السيد محمد تقي خلّفه ولده السيد حسين بحر العلوم في إمامة الصلاة والتدريس. وكلّ هؤلاء الأماثل هم من أعيان العلماء في القرن الأخير.