في مدينة قم المقدسة، و في أسرة تطاول السماء مجدا و سؤددا، ولد الشهيد السعيد عام 1309 ه. ش.
سماه أبوه العظيم محمدا، و طوقه ب «مصطفى» لقبا، و كناه ب «أبي الحسن»، و لم يكنه ب «أبي القاسم»؛ كي لا تجتمع النعوت الثلاثة لغير النبي (صلى اللّه عليه و آله و سلم) و غلب عليه لقبه، فاشتهر بالسيد «مصطفى».
انحدر من صلب ماجد، انحنى له الدهر تبجيلا و تعظيما، و تصاغرت شواهق الجبال لشموخه و جلاله؛ ذلك والده المقدس، الّذي ملأ الدنيا و شغل الناس، و أنطق العدو ثناء عليه قبل الصديق، فعدوه رجل العالم الأول لعامين انبهارا بعظمته و قيادته.
و أما والدته التقية الفاضلة فهي كريمة آية اللَّه الميرزا محمد الثقفي صاحب كتاب «روان جاويد» في التفسير و «غرر العوائد من درر الفوائد» في الأصول، و كثيرا ما عبر عنه المترجم في كتبه ب «جدي المحشي».
و كان آية اللَّه الميرزا أبو الفضل الطهراني صاحب كتاب «شفاء الصدور في شرح زيارة عاشور» جدا لوالدته الفاضلة.