وكان السلطان سليم قد توفي أثناء ذلك فأصدر خلفه السلطان مراد خان أمره بالاستمرار في العمل فظلوا على ذلك حتى أتموا بناءه في أواخر سنة ٩٨٩.

وفي هذا العهد كان الطريق في وادي ابراهيم قد اعتلى عن مستواه بفعل السنين وكانوا يمهدونه في كل عشر سنوات مرة فأمر السلطان مراد بنقل الأتربة المتراكمة حتى عاد الى مستواه وقد ذكر القطبي أن القائم بأعمال العمارة أخبره أن مقدار ما أنفق في عمارة المسجد واصلاح الطريق حوله يقدر بمائة الف جتيه جديد (جنيه عثماني) عدا أثمان الأدوات المحمولة من مصر من أخشاب وحدائد وغيرها.

وكان الجانب الجنوبي من المسجد (حول باب ابراهيم) مكتظا بالبيوت والمدارس التي كانت تسبب ضيقا في مجرى السيل فأمر السلطان مراد بهدمها وجعلها أمكنة لمبيت الفقراء حتى لا يأوون الى المسجد كما أمر ببناء عدة حنفيات للوضوء على يسار الخارج الى الصفا وأخرى عند مدرسة السلطان قايتباي وقد هدمت الحنفيات المذكورة في عام ١٣١٥ لأن فضلات المياه كانت تلوث أبواب المسجد [١]

وفي سنة ١٠٠٣ أمروا بقلع حجارة المطاف وكانت من الحجر الصوان ففرشت في الحاشية التي تلي المطاف وفرشوا المطاف بالمرمر وفي سنة ١١١٠ جددوا الشاذروان الملاصق بجدار الكعبة وجعلوه من المرمر وفي سنة ١١٢٠ جعلوا في بئر زمزم شبكة من حديد منخفضة عن سطح الماء في داخله لتتلقى بعض المجذوبين الذين كانوا يلقون بأنفسهم في البئر وفي عام ١١٧٢ هدموا قبة رمزم وشيدوها

[١] عمارة المسجد للشيخ حسين باسلامه صفحة ٨٢ وما بعدها والاعلام باعلام بيت الله الحرام للقطبي ص ٣٨٨ وما بعدها.