درگذشت و در كنار قبر مرحوم آية اللّه حائرى در حرم حضرت معصومه عليها السّلام در قم به خاك سپرده شد.

فرزند آيت اللّه العظمى گلپايگانى قدّس سرّه:

1- حجة الاسلام و المسلمين آقاى سيد محمد جواد گلپايگانى، ايشان پس از تحصيلات علوم دينى در حوزه علميه نجف به قم مراجعت نموده و تنظيم امور بيت پدر بزرگوارشان را به عهده مى‌گيرند وى داماد آيت اللّه سيد نصر اللّه موسوى مستبط است.

2- مرحوم حجة الاسلام و المسلمين آقاى حاج سيد مهدى گلپايگانى، وى در هفدهم شعبان 1358 ه ق به دنيا آمد و پس از فراگيرى علوم حوزوى، به دليل ديد وسيع فكرى و احساس مسئوليت در كشورهاى مختلف جهان فعاليتهاى گوناگونى آغاز نمود، مؤسسات بسيارى را سامان داد، ايشان كه در حادثه دلخراش زلزله طبس در روز جمعه 25 شهريور 1357 ه ش در تصادفى مبهم از دنيا مى‌رود، داراى پشتكار و اراده استوار، و به زبانهاى عربى و انگليسى مسلط بوده است، در بزرگداشت مجلس ايشان شخصيتهاى مختلف از جمله حضرت امام قدّس سرّه شركت داشته‌اند و پيام‌هاى و تلگرام‌هاى بسيارى انتشار يافته است، ايشان داماد مرحوم آيت اللّه سيد جعفر احمدى طباطبايى بود.