در بامداد روز دوشنبه 5 ذى القعدة 664 ه. ق. در بغداد رحلت نمود، و آرزوى ديرينش كه دفن در نجف بود با دفن در نجف تحقق يافت.

راهيابى به زندگى سيّد بن طاوس در دوران پايانى زندگى او بسيار دشوار است.

برخى گويند: در سمت نقابت وفات نمود، چنان كه گفته شده: در اواخر عمر از نقابت عزل گرديده بود، يا او و برادرش را شهيد كردند.

سيد قسمت اوّل كتاب الملاحم خود را در 15 محرّم 663 هنگام خروج از بغداد به عزم زيارت نجف و توقفش در حلّه نوشت.

در جمادى الاولى 664 ه. ق. به بعضى از شاگردانش اجازه داد.

اين كه ابن طاوس در سال 627 ه. ق. به قصدى جز زيارت خانه خدا از عراق خارج شده باشد به ما نرسيده است.

وضع مالى سيّد بن طاوس، خوب بود و در وصيت به فرزندانش ياد آور شد كه به دليل تأسّى به پيامبر 6 و امير المؤمنين 7 طلا و نقره به ارث ننهاده، و املاك و باغاتى را به يادگار گذارد.

معروف است كه سيّد صاحب كرامات بوده كه بعضى را در نوشته‌هايش آورده و پاره‌اى ديگر را شرح حال نويسان او آورده‌اند، تا آن جا كه گفته مى‌شد: او ارتباط مستقيم با حجة المنتظر عجل اللَّه فرجه داشت، و گفته شده كه اسم اعظم به وى اعطا گرديده ليكن اجازه نداشت آن را به فرزندانش بياموزد.

ابن طاوس را سه برادر بود:

شرف الدين أبو الفضل محمّد عزّ الدّين حسن.

جمال الدّين أبو الفضائل احمد پدر غياث الدّين عبد الكريم.

ابن طاوس چهار دختر داشت كه نام دو نفر آنها در كتابها آمده است.

شرف الاشراف.

فاطمه.