شيخ در اثر تصفيه باطن به مقاماتى دست يافت كه از حدود اطّلاعات اغلب مردمان خارج است و از زمان وى تا به حال در زبان مردم ايران آگاهى حيرت‌آور شيخ بهايى از علوم متداول و فنون رياضى و علوم غريبه معروف گشته است و غرائب بسيارى را به وى منسوب مى‌دارند و هر جا امر عجيبى مى‌بينند و يا مى‌شنوند آن را از آثار شيخ بهايى مى‌دانند و نوادر و قصه‌هاى شگفت‌انگيزى را به شيخ نسبت مى‌دهند كه وقوع يا عدم وقوع آن قضايا تأثيرى در جلالت قدر او ندارد.

اساتيد شيخ بهايى:

نخست ادبيات عرب و تفسير و حديث را نزد پدر خود، شيخ حسين كه از شاگردان شهيد ثانى (ره) بود فراگرفت، حكمت و كلام و قسمتى از علم منقول را از ملّا عبد اللّه يزدى صاحب حاشيه تهذيب المنطق آموخت، طب را از حكيم عماد الدين محمود اخذ كرد و رياضيّات را نزد ملا افضل قاضى و ملا على مذهب و برخى ديگر از اكابر فراگرفت و صحيح بخارى را نزد محمد بن محمد بن محمد بن ابى اللّطيف مقدسى خواند و در اندك زمانى مراتب معقول و منقول را تكميل نمود تا آنكه او را از نوادر زمانش مى‌شمارند.

مشايخ روايت شيخ بهايى:

احاديث و مصنّفات شيعه اماميه را از والد معظّم خود و ميرداماد روايت كرده، صحيح بخارى از كتب عامه را نيز از استاد خود محمد بن محمد بن محمد مقدسى روايت نموده كه استاد وى نيز به واسطه دوازده تن محدّث محمد نام على التّعاقب از خود محمد بن اسمعيل بخارى كه مؤلّف صحيح بخارى است روايت مى‌نمايد بنابراين واسطه بين شيخ بهايى و مؤلف صحيح بخارى سيزده تن محمّد نام بوده‌اند و خود شيخ هم محمّد نام دارد و اين سلسله از نوادر اتفاقات است.

شاگردان شيخ بهايى:

برخى از شاگردان معروف شيخ بهايى عبارتند از:

1- شيخ جواد بن سعد اللّه مشهور به فاضل جواد.

2- ملا حسنعلى ابن ملا عبد اللّه شوشترى.

3- سيد حسين بن حيدر بن قمر حسينى كركى.

4- ملا خليل بن غازى قزوينى.

5- ملا خليل يا محمد خليل بن محمد اشرف قايينى.