اصبح الشيخ بعد وفاة صاحب الجواهر زعيما دينيا و مرجعا كبيرا، و هذا بإشارة صريحة من قبل الشيخ صاحب الجواهر في عام 1266 ه.

بلغ تلامذة الشيخ الذين هم في أعلى درجة الاستنباط و الاجتهاد 500 مجتهد مطلق مسلم، اشهرهم:

1- السيّد المجدد ميرزا حسن الحسيني الشيرازي، الذي نال زعامة الأمة الإسلامية و مرجعية الطائفة الإماميّة بعد وفاة الشيخ الأنصاري، مشتركا مع السيّد الكوه‌كمري التبريزي. فتفرد السيّد المجدد الشيرازي بعد وفاة السيّد الكوه‌كمري في عام 1299 بالمرجعية. و هو الذي أفتى بحرمة التنباك في عهد الملك ناصر الدين شاه القاجاري.

2- الشيخ جعفر نجل المرحوم الملا حسين التستريّ.

3- الشيخ ميرزا حبيب اللّه الرشتي، الذي أصبح زعيم الحوزة العلمية في النجف الأشرف بعد وفاة السيّد حسين الكوه‌كمري و هجرة السيّد المجدد الشيرازي الى سامرّاء.

4- الفقيه الكبير السيّد حسين الكوه‌كمري، الذي كان مرجعا للأمة الإسلامية بعد وفاة الأستاذ الشيخ مرتضى الأنصاري.

5- الشيخ محمّد حسن المامقاني.

6- الشيخ المولى محمّد كاظم الآخوند الخراسانيّ صاحب «كفاية الأصول».

7- الميرزا محمّد حسن الآشتياني.

8- الميرزا أبو القاسم كلانتر.

9- الشيخ هادي الطهرانيّ.

10- الشيخ محمّد طه نجف.

11- الميرزا عبد الرحيم النهاوندي.