گفت، و رهسپار نجف گرديد و دوازده سال آخر عمر خود را در كنار مرقد مطهر مولى الموحّدين عليه السّلام گذرانيد و زبان دلش به مضمون اين بيت مترنّم بود كه:

آرى پناه به نجف، يا حوزه ولاى على عليه السّلام، پناه به نجف يا پايگاه پروانه‌هاى رنگين كمال، پناه به نجف يا الهام دهنده تابش ماهتاب و خلاصه، در يك كلمه پناه به نجف يا طنين ايمان. علامه حلّى «ره» در كتاب خلاصه‌اش مى‌نويسد:

شيخ طوسى مردى عارف به اخبار و رجال و فقه و اصول و كلام و ادب بوده و بايد گفت كه همه فضائل منسوب به اوست زيرا در تمام فنون دين كتاب نوشته و جامع كمالات نفسانى در علم و عمل بوده است از لحظه ورودش به نجف اشرف (448 ق) نجف متحول گرديد و موقعيت او جهانى گرديد و دانشمندان و شيعيان حقيقت جو از هر سو به جانب نجف روى آوردند و شيخ نيز با اجتماع اهل دانش، حوزه درسى تشكيل داد و دور او جنجالها و حوادث سياسى به درس و بحث و تأليف و تصنيف پرداخت، و شالوده حوزه يك هزار ساله نجف اشرف كه يادگار آن بزرگ‌مرد است، بريخت و تاكنون هزاران فقيه عاليمقام و محدّث نامدار و حكيم الهى همچون ايروانى و مفسّر و اديب و نويسنده تحويل جامعه داده است. وى در سنه 461 ه ق به لقاء خدا شتافت و رخ در نقاب خاك كشيد.