ب. شيوه تحقيق مقايسه‌اى؛ اگر چه شيوه كار مقايسه‌اى در تحقيق از سابقه‌اى ديرينه در حوزه‌اى دينى شيعى برخوردار است؛ اما گسترشى كه اين شيوه در مقطع زمانى مورد بحث پيدا كرد در دو سه قرن اخير سابقه نداشته است.

آثار تحقيقاتى گران‌بهايى كه با اين شيوه تدوين شد، نظير اصول فلسفه دروس رئاليسم نوشته علامه طباطبايى و حاشيه‌هاى محققانه استاد شهيد آيت‌الله مطهرى بر آن و نيز تعدادى ديگر از نوشته‌هاى استاد شهيد مرتضى مطهرى نظير مجموعه گران‌سنگ و كم‌نظير مقدمه‌اى بر جهان‌بينى اسلامى و فلسفه تاريخ و نظرى بر اقتصاد اسلامى و همچنين تعداد از نوشته‌هاى آيت‌الله مكارم شيرازى و آيت‌الله مصباح يزدى و آيت‌الله جعفر سبحانى و جز آنان به همين شيوه نگارش يافته است.

ج. دايرةالمعارف نگارى؛ يكى از شيوه‌هاى جديدى كه اخيراً در تحقيقات حوزه‌هاى علمى شيعه به خصوص قم رواج يافته، شيوه دايرةالمعارف نگارى است. مجموعه بزرگ، مفيد و ارزشمند ميزان الحكمه كه توسط دانشمند گران‌قدر جناب آقاى محمدى رى‌شهرى نگارش يافته است، يكى از بارزترين كارهاى علمى دايرةالمعارفى است كه در اين مقطع زمانى نگاشته شده است. در مؤسسه مجمع انديشه اسلامى مجموعه گران‌قدر الموسوعة الفقهيه المسيرة كه يك دايرةالمعارف فقهى شيعه است و در نوع خود كار ابتكارى است،