پس از پايان جهاد و زمزمه‌هاى پيروزى مجاهدان كتاب تصويرى از حكومت اسلامى در افغانستان را به خامه مى‌كشند.

كتاب الفقه و مسائل طبيه را در دو جلد تحرير مى‌كند كه به نظر كارشناسان دفتر تبليغات اسلامى در موضوع خود يگانه است و براى پاسخ‌گويى به موضوعات جديد جامعه و اكتشفات جديد طبى درباره بدن انسان و تكاليف شرعى مسلمانان در رويارويى با آن‌ها نگارش شده است.

توضيح المسائل سياسى از نگاشته‌هاى اخير ايشان است. اين كتاب بنابر ضرورت فعلى افغانستان و برخى ديگر از كشورهاى اسلامى نگاشته شده است كه حكومت اسلامى دارند. اين كتاب به شرح وظايف شاغلانى مى‌پردازد كه در پست‌هاى دولتى در زمينه‌هاى مختلف سياسى، اقتصادى، فرهنگى، سياست خارجى و داخلى، تعامل با جهان اسلام، دنياى كفر و هرآنچه مربوط به وظيفه شرعى يك مسئول در حكومت اسلامى مى‌شود، به فعاليت اشتغال دارند.

ج) مراقبت فراوان در مصرف بيت المال: سخت‌گيرى و احتياط شديد آية اللّه محسنى در مصرف بيت المال زبان‌زد همگان است. در دوره جهاد مقدس، همواره فرماندهان نظامى و كارمندان نمايندگى‌هاى مختلف حزب «حركت اسلامى» را به صرفه‌جويى توصيه مى‌كردند. مى‌فرمودند:

در شرايط سخت جهادى و بحران اقتصادى كه امروز دامنگير ملت شده [است‌]، نبايد در مصرف بيت المال زياده‌روى كرد.

يكى از همكاران ايشان مى‌گويد: من در سال 1358 شمى در يكى از دفترهاى حزب «حركت» فعاليت مى‌كردم. هرگاه خود ايشان به دفتر مى‌آمد، مى‌گفت: امروز مجاهدين در افغانستان بيش از ما نياز به غذا دارند؛ ازاين‌رو دستور مى‌داد:

سيب‌زمينى را با آب و روغن بپزند و خود در كنار ديگران مى‌نشست و غذا مى‌خورد.

وى به طلبه‌ها توصيه مى‌كرد: