منصب المرجعية العليا، ورتبة الزعامة العلمية المطلقة.. يضاف إلى ذلك مواهبه التي أهلته ودفعته إلى تسلم هذا المقام. وكان ينزل جانب الكرخ من بغداد إذ كانت منزل الشيعة وملتقى علمائهم ومثقفيهم، وفيها (المكتبة) التي أنشأها أبو نصر (سابور بن أردشير) وزير بهاء الدولة البويهي، والتي كانت من مهمات دور العلم يومذاك، يقول ياقوت الحموي: «لم يكن في الدنيا أحسن كتباً منها، كانت كلها بخطوط الأئمة المعتبرة وأصولهم المحررة». وربما كانت - بالإضافة إلى كونها مرجعاً للتأليف والدراسة - مدرسة مهمة لبث ونشر الفكرة الإسلامية المستمدة من منبعها الأصيل (مذهب أهل البيت عليهم السلام ). وبقي رحمه الله في بغداد حتى هجوم السلاجقة عليها بقيادة (طغرك بك) عام (447هـ) حيث قاموا بحرق ونهب المنازل والمؤسسات في جانب الكرخ وكان من بينها أن حرقت المكتبة - مكتبة سابور المارة الذكر - فأفقدوا الأمة الإسلامية تراثاً ثقافياً ذا أهمية كبرى، كما حرقت مكتبته وكرسي تدريسه، ونهب داره، وضيق الخناق عليه، وهذا مما دفعه إلى أن يهاجر إلى (النجف) عام (449هـ).

وربما كان اختياره للنجف مهجراً لضمان حريته الفكرية، ولوجود نواة للحركة العلمية فيها ولأنها من العتبات المقدسة باحتوائها مرقد الإمام أمير المؤمنين عليه السلام ولأنه يستطيع أن يجعل منها مركزاً للحركة العلمية، ومنطلقاً لأفكاره وآرائه فيستعيد بذلك مكانة الشيعة الثقافية والاجتماعية التي فقدوها في بغداد على أيدي السلاجقة، فكانت أن تأسست جامعة النجف بفضل جهوده([249]). فقد كان رحمه الله انطلاقة الحياة العلمية فيها، في حركتها وروحانيتها، وفي أصالتها

[249] انظر: تاريخ التشريع الإسلامي، ص 284.