شیخ «حر عاملی» معتقد است که کتاب دو نسخه دارد و یکی از آنها زیاداتی بر دیگری دارد.

به نظر «آقابزرگ»، یکی از آن دو نسخه، اصل و دیگری منتخب آن یعنی «جامع الفوائد» (کنزالفوائد) است.

نسخه های خطی:

4 نسخه ی خطی در «کتابخانه ی آیت الله العظمی مرعشی نجفی (ره)» به شماره 438، شماره 3802 در 150 برگ، کتابت سال 1086ه-.ق.، شماره 322 در 142 برگ و شماره 259 در 100 برگ، کتابت سال 1070ه-.ق. موجود است.

3 نسخه ی خطی در «کتابخانه ی آستان قدس رضوی (ع)» به شماره 58 در 430 برگ، شماره 1449 در 248 برگ، کتابت سال 995ه-.ق. و شماره 1450 در 216 برگ، کتابت سال 1074ه-.ق. موجود است.

3 نسخه ی خطی در «کتابخانه ی مجلس شورای اسلامی» به شماره 5299 در 386 برگ، کتابت سال 1088ه-.ق.، شماره 12196 در 198 برگ، کتابت سال 1070ه-.ق. و شماره 4847 در 210 برگ، کتابت سده 11ه-.ق. موجود است.

4 نسخه ی خطی در «کتابخانه ی مرکزی دانشگاه تهران» به شماره 18 در 186 برگ، کتابت سال 793ه-.ق. (احتمالاً این تاریخ غلط است)، شماره 2011 در 167 برگ، شماره 1029 در 241 برگ و شماره 2356 در 265 برگ، کتابت سال 1128ه-.ق. موجود است.

1 نسخه ی خطی در «کتابخانه ی وزیری یزد» به شماره 1734 در 274 برگ، کتابت سال 1092ه-.ق. موجود است.

نسخه های چاپی:

چاپ نشده است.

2. ترجمه نفحات اللاهوت

«آقابزرگ» به نقل از «وقایع الایام»، این اثر را به «سید شرف الدین علی استرآبادی» نسبت داده است.

«نفحات اللاهوت» در علم کلام و اعتقادات، نوشته «محقق کرکی» است. این اثر به وسیله «میر محمد بن ابوطالب حسینی استرآبادی» ترجمه شده است. این احتمال وجود دارد که مرحوم «خیابانی» در نسبت دادن این ترجمه به شرف الدین علی، اشتباه کرده باشد.

3. الفوائد الغرویه

کتاب «الفوائد الغرویه»، شرح رساله «جعفریه» «محقق کرکی» است. «علی بن عبدالعال کرکی»، مشهور به «محقق کرکی»، کتاب «جعفریه» را در علم فقه نوشته است و سید شرف الدین رساله استادش را در زمان حیات وی شرح کرده است.

به نظر بزرگان این رشته، شرح رساله «جعفریه» کتاب ارزشمندی است و سید شرف الدین استرآبادی به خوبی از عهده ی شرح آن برآمده است.

شرح استرآبادی استدلالی و با عناوین قال اقول، در یک مقدمه و چهار باب و یک خاتمه تدوین شده است.

نسخه های خطی:

1 نسخه ی خطی در «کتابخانه ی آستان قدس رضوی (ع)» از مجموعه ی اهدایی رهبر به شماره 32219 در 146 برگ، کتابت سده 11ه-.ق. موجود است.

نسخه های چاپی:

چاپ نشده است.

4. حاشیه علی شرح شمسیه

این حاشیه را در فهرست نسخه های خطی کتابخانه ی آستان قدس رضوی (ره)، با شماره 1164، به سید شرف الدین علی استرآبادی نسبت داده اند. لیکن به نظر می رسد این نسبت غلط است؛ زیرا حاشیه بر «شرح شمسیه» را هیچ منبع تاریخی و کتاب شناسی به وی نسبت نداده است.