کلیّه ی علوم از فقه، اصول، حدیث، رجال، حکمت، کلام و غیره توانست جای خالی تألیف و تحریر در دوره ی فترت را پر کند. از مهمترین آثار ایشان می توان به: الف) اربعین حدیث ب) شرح مدارک ج) شرح دعای صباح د) هدایه الفؤاد ه ) فوائد الرجالیه و) بشارات الشیعه ز) حاشیه بر تفسیر صافی اشاره کرد.

علّامه خواجویی از بزرگترین اساتید فلسفه، کلام، عرفان، فقه و حدیث در عصر خویش به شمار می آید. او در میان علمای زمان خویش بیش از دیگران مورد تکریم و احترام نادرشاه افشار قرار داشت و توصیه های او مورد توجّه نادرشاه قرار می گرفت و این از زهد و قناعت این عالم بزرگ نشأت می گیرد. از شاگردان برجسته اش می توان به ملّا مهدی نراقی، آقا محمّد بیدآبادی، آقا میرزا ابوالقاسم مدرّس اصفهانی اشاره نمود. او اخلاص و محبّت فراوانی به سادات فاطمیّه داشت و رساله هایی نیز در فضل اولاد فاطمه(سلام اللّه علیها) نگاشته است. بسیاری از مؤمنین برای برآورده شدن حاجاتشان به زیارت مرقد او روی می آورند.

ماده تاریخ فوت او را چنین آورده اند:

«نوّر اللّه الجلیل مقبرته

رفع اللّه فی الجنان منزله 1173 ه . ق.»

و به فارسی «خانه ی علم منهدم گردید. 1173 ه . ق.»[1]

2 - آقا محمّداسماعیل خواجویی ثانی: فرزند محمّدجعفر(نوه ملّا اسماعیل خواجوئی) متوفّی 1282 ق. مدفون در جنب قبر جدّ خویش.

3 - ملّا علی اکبر اژه ای: فرزند ملّا محمّدباقر. متوفّی 1232 ق. عالم فاضل محقق، فقیه زاهد، عابد، و از متکلّمین برجسته. شیخ آقابزرگ طهرانی وی را با این القاب می ستاید: «انه کان قائم اللیل دائم التهجد کثیرالبکاءِ عظیم الخوف ظریف المناجاه مستجاب الدعوه مقتضی الحاجات».[2] وی از علمایی بوده که با عقاید شیخ احمد احسایی و میرزا محمّد اخباری مخالف بوده و رساله ای در ردّ عقاید ایشان نوشته است. وی به خطرهایی که شیعه را به خصوص در عرصه فکری و عقیدتی تهدید می کرد عکس العمل نشان می داد. زیرا که عصر او مقارن

فعالیت های شیخیه و اخباری ها بود. چنانکه رساله ای در ردّ عقاید میرزا محمّد اخباری و همچنین رساله ای در ردّ عقاید شیخ احمد احسایی