سيد ابراهيم محمد راوى رفاعى، آن را ساخت، در سال 1312 ه. ق، سلطان عبدالحميدخان دوم، آن را بازسازى كرد.

تكيه رفاعيه كه داخل مسجد بود، پس از اجازه از متوليان، تعمير شد و سپس تكيه جديدى، بنا گشت و مسجد ديگرى در سال 1999 م، جنب مسجد قديم ساخته شد. در اين بازسازى، مرقد سيد سلطان على، گسترش يافت و درست زير گنبد، قرار گرفت و گنبد دومى نيز بر بنا افزوده شد كه به مرقد سيد محمد مهدى ردينى رفاعى، ملقب به رواس، (متولد 1220 ه. ق و متوفاى 1287 ه. ق) متعلق است.

در سال 1353 ه. ق، مأذنه مسجد جامع، به علت فرسودگى آن و نيز تعريض خيابان جمهورى (رشيد)، خراب گرديد و به‌جاى آن، مأذنه‌اى جديد ساخته شد و قبر شيخ عبدالغفور محمد سعد حيدرى، مفتى شافعى (متوفاى 1310 ه. ق) كه در ايوان مسجد جامع قرار داشت، تعمير شد.

رياست تكيه رفاعيه را سيد ابراهيم افندى، فرزند شيخ محمد افندى، (متولد 1281 ه. ق) به‌عهده داشت و هر شب جمعه، جلسه يادبودى براى شيخ رفاعى برقرار مى‌شد. در اين تكيه، دو اتاق براى استفاده علمى، وجود داشت كه در يكى از آنها، علامه احمد شاكر افندى بن سيد محمد شهاب الدين افندى آلوسى، (متوفاى 1330 ه. ق) و در اتاق دوم، مرحوم سيد محمود شكرى افندى آلوسى تدريس داشتند.[1173]

شرح حال سلطان على‌

وى در سال 459 ه. ق، در بصره متولد شد. هنگامى كه پدرش وفات يافت، او يك ساله بود. كفالت و تربيت او را دايى‌اش، منصور بطائحى، برعهده گرفت و او را به همراه خانواده‌اش در سال 497 ه. ق، به واسط برد و طريقت رفاعى را از جد مادرش، موسى بن سعد بخارى انصارى، اخذ نمود. در همان سال، با دختر دايى‌اش، به نام شيخه فاطمه‌

[1173] . العقد اللامع بآثار بغداد والمساجد والجوامع، صص 396- 399؛ مرقد المعارف، ج 1، صص 361- 363؛ معجم المراقد و المزارات فى العراق، صص 270 و 271.