در سال 769 ه. ق، سلطان اويس جلايرى، به بازسازى حرم اقدام كرد و دو گنبد و دو مناره ساخت و دستور داد دو صندوق از سنگ مرمر، روى قبر شريف دو امام هفتم و نهم (عليهما السلام)، نصب كردند. همچنين او، رواق و رباطى را كه در صحن مطهر بود، بازسازى كرد و اموالى بين خادمان و متوليان حرم و سادات علوى ساكن آنجا، تقسيم كرد.[808] در فاصله زمانى اين بازسازى تا روى كار آمدن صفويان، در منابع تاريخى، گزارشى از بازسازى‌ها و اقدامات عمرانى در آستان مقدس كاظمين، به چشم نمى‌خورد.

ج) آستان كاظمين (عليهما السلام) در دوره صفوى‌

پس از تشكيل دولت صفوى، شاه اسماعيل در سال 914 ه. ق، عراق را تصرف كرد و وارد بغداد شد. به دستور وى، اقدامات گسترده‌اى براى بازسازى و توسعه آستان كاظمين آغاز شد؛ از جمله اين اقدامات، نصب دو صندوقچه چوبى نفيس روى قبرهاى شريف، سنگ‌فرش كردن رواق‌ها با سنگ مرمر و آراستن حرم و ديوارهاى بيرونى آن با كاشى‌هاى حاوى آيات قرآن و نقش‌هاى گياهى زيبا بود. او همچنين دستور داد دو گلدسته ديگر، به دو گلدسته قبلى افزوده گردد و مسجد بزرگى، متصل به قسمت شمالى حرم، ساخته شود. او اجراى اين طرح را به «امير خادم بيك» واگذار كرد و خود، به ايران بازگشت.[809]

اسكلت اصلى حرم مطهر امامين كاظمين و نيز مسجد متصل به آن از سمت شمال، از آثار دوره شاه اسماعيل صفوى است كه تا به امروز، باقى مانده است. همچنين بخش‌هايى از كتيبه‌هاى كاشى اين دوره نيز تاكنون در آستان مقدس كاظمين، باقى مانده است؛ از جمله در قسمت بيرونى ديوار رواق شرقى در ايوان باب‌المراد، كتيبه‌اى به تاريخ ششم ربيع‌الثانى 926 ه. ق وجود دارد كه در آن، شاه اسماعيل صفوى را بانى آنجا دانسته است. همچنين گرداگرد ديوار داخلى حرم مطهر، در ارتفاع دو مترى از سطح زمين،

[808] . تاريخ حرم كاظمين( عليهما السلام)، ص 57( به نقل از صدى الفؤاد).

[809] . همان، ص 62. به نقل از صدى الفؤاد و العراق بين احتلالين.