كرده و در روستايى به نام كهك در اطراف شهر قم سالها انزوا و گوشه‌نشينى اختيار كرد و به تحقيق و پايه گذارى فلسفه خويش كه امروزه به نام «حكمت متعاليه» زبانزد همگان گرديده مشغول شد و پس از آن به دعوت الله‌وردى خان حاكم فارس به شيراز بازگشت و بساط تدريس و تصنيف گسترد.

وى به سال 1050 ق. در حالى كه براى هفتمين بار در سفر حج گام مى‌زد در، شهر بصره به ديار باقى شتافت.

در ميان شاگردان صدر المتألهين، ملّا محسن فيض كاشانى (1007- 1091 ق) و ملّا عبد الرزّاق فيّاض لاهيجى (م 1072 ق) كه افتخار دامادى استاد خود را نيز داشتند پرآوازه‌ترند.

تأليفات آخوند را افزون بر پنجاه كتاب و رساله كوچك و بزرگ دانسته‌اند كه انتساب حدود چهل نوشته بدو ثابت گرديده است و مهم‌ترين آنها عبارت است از:

1- الحكمة المتعالية فى الاسفار الاربعة العقليّة؛

2- الشواهد الربوبيّة؛

3- المبدأ و المعاد؛

4- تعليقات بر الهيّات شفا؛

5- تعليقات بر شرح حكمة الاشراق؛

6- شرح هدايه اثيريّه؛

7- الحكمة العرشيّة؛

8- المشاعر؛

9- تفسير برخى از آيات و سور قرآنى؛

10- شرح اصول كافى؛

11- اجوبة المسائل النصيريّة؛

12- كسر الاصنام الجاهليّة؛

13- مفاتيح الغيب؛