1- قسم التحقيق، و العمل فيه جار علي تحقيق موسوعة حول التراث المكتوب عن الإمام الحسين عليه السلام و نهضته المباركة، ما يشمل المقاتل و التاريخ و السيرة و غيرها، و سواء التي كانت بكتاب مستقل أو ضمن كتاب. و كذا العمل جار في هذا القسم علي متابعة المخطوطات الحسنية التي لم تطبع إلي الان، لجمعها و تحقيقها، ثم طباعتها و نشرها.

2- قسم التأليف، و العمل فيه جار علي تأليف كتب حول الموضوعات الحسينية المهمة التي لم يتم تناولها بالحبث و التنقيب أو التي لم تعطّ حقها من ذلك، كما و يتم استقبال الكتب الحسينية المؤلفة خارج المركز و متابعتها علميا و فنيا من قبل اللجنة العلمية، و بعد أجراء التعديلات و الإصلاحات اللازمة يتم طباعتها و نشرها.

3- مجلّة الأصلاح الحسني، و هي مجلّة فصلية متخصصة في النهضة الحسينية، تهتم بنشر معالم و افاق الفكر الحسيني، و تسليط الضوء علي تاريخ الهضة المباركة و تراثها، و كذلك إبراز الجوانب الإنسانية و الاجتماعية و الفقهية و الأدبية في تلك النهضة المباركة.

4- قسم ردّ الشبهات، و يتم فيه جمع الشبهات المثارة حول الإمام الحسين عليه السلام كلمات الإمام الحسين عليه السلام في مختلف العلوم و فروع المعرفة، ثم تبويبها حسب التخصصات العلمية، و وضعها بين يدي ذوي الاختصاص، ليستخرجوا لنا نظريات علمية واضحة تمازج بين كلمات الإمام الحسين عليه السلام و الواقع العلمي.

5- قسم دائرة معارف الإمام الحسين عليه السلام، و هي موسوعة تشتمل علي كل ما