ولمّا توفّي أُستاذه المفيد سنة (413هـ)، جلس مجلسه، وتصدّر للإفادة ونال مكانة علمية مرموقة، وذاع صيته في أكثر من مدينة.
توفّي ببغداد في شهر رمضان سنة ثلاث وستين وأربعمائة.[1]
وترك مؤلفات عديدة، منها: الموجز في التوحيد، المسألة في الردّ على الغلاة، مسألة في إيمان آباء النبي عليه السَّلام، أجوبة مسائل شتى في فنون من العلم، المسألة في أنّ الفعال غير هذه الجملة، جواب المسائل الواردة من طرابلس، جواب مسألة أهل الموصل، كتاب التكملة، وغير ذلك.
كما يبدو أنّ كتاب تتمة «الملخّص في أُصول الدين» للشريف المرتضى، هو من تأليف السيد المترجَم، وليس من تأليف السيد أبي طالب حمزة بن محمد بن عبد اللّه الجعفري، كما ذهب إلى ذلك صاحب «روضات الجنات».
[1] وعن «تاريخ الشيعة» لابن أبي طي: سنة(465هـ)، واسم المترجم فيه ـ كما نقله عنه الذهبي ـ : حمزة بن محمد، وهما ـ في رأينا ـ شخص واحد، وقد أوضحنا ذلك في «موسوعة طبقات الفقهاء».