من المباحث العلمية تمّ تنظيمها وعرضها بشكل خاص، وكنموذج بارز لذلك ما نراه في أعمال وآثار الشيخ الأنصاري والآخوند الخراساني.

وتقسّم المسائل الأصولية في هذه المرحلة إلى:

مباحث الألفاظ والمباحث العقلية، وتبحث المباحث العقلية بشكل مفصّل وواسع مع إبداعات مهمّة لم تكن في السابق.

2. الإبداعات الفقهية

في هذه المرحلة تمّ عرض الأبواب الفقهية بشكل جديد وبآفاق واسعة، حيث يمكن الإشارة في هذا المجال لبحوث الشيخ الأنصاري الواسعة في الفقه، والمحقّق الهمداني في‌ «مصباح الفقيه».

3. الاهتمام الواسع بالعبادات والعقود

بالرغم من أنّ الفقه يتضمّن أبواباً عديدة، كالعبادات والعقود والإيقاعات والسياسات؛ إلّاأنّ فقهاء هذا العصر، قد ركّزوا أكثر اهتماماتهم في مورد العبادات والعقود. وهذا ما نراه في كتاب‌ «المكاسب» للشيخ الأنصاري (في قسم المعاملات) و «مصباح الفقيه» للمحقّق الهمداني و «العروة الوثقى» لآية اللَّه السيّد محمّد كاظم اليزدي (ويبحث في الأصل حول العبادات) وغير ذلك، ويتميّز فقهاء هذه المرحلة بأنّ لهم تأليفات في أحد هذين البابين أو كليهما.

4. ظهور «التقريرات» في الفقه والأصول‌

بالرغم من أنّ «التقريرات» تشبه «الأمالي» التي كانت سائدة بين القدماء من العلماء، حيث يملي الاستاذ دروسه على تلاميذه الذين يكتبون الدرس، ولكن مع فارق بينهما:

أ) إنّ أمالي الأستاذ كانت في السابق تنشر باسم الاستاذ نفسه دون أن يكون هناك ذكر لاسم التلميذ الكاتب، من قبيل‌ «الأمالي» للشيخ الصدوق و «الأمالي» للشيخ المفيد؛ ولكن في هذا العصر، فإنّ تقريرات الأساتذة تنشر باسم طلّابهم وتلاميذهم، مع ذكر اسم الأستاذ أيضاً، مثل‌ «أجود التقريرات» وهو مجموعة دروس لآية اللَّه النائيني، حيث طبع باسم تلميذه آية اللَّه الخوئي، وهكذا عشرات التقريرات الأخرى.

ب) في «الأمالي‌» فإنّ الألفاظ والعبارات هي عبارات الأستاذ نفسه ويقوم التلميذ بكتابة النصّ الذي أملاه عليه أستاذه وينشر بالتالي باسم الأستاذ، ولكن في التقريرات فإنّ مضمون الكتاب من الأستاذ، ولكنّ التلاميذ هم الذين يصوغون هذا المضمون بعباراتهم وألفاظهم ويقومون بتبويب الكتاب بما يناسب ذوقهم وقريحتهم.

5. ظهور الرسائل العملية بشكل جديد

بالرغم من وجود رسائل للفتاوى بين الفقهاء القدماء لمراجعة المقلِّدين وعملهم بها، فإنّ بعضاً من هذه الرسائل تمّ تأليفه تحت عنوان‌ «المسائل» من قبيل:

«المسائل الجيلانيّة» و «المسائل الرجبيّة» للشيخ الطوسي و «الجامع العبّاسي» للشيخ البهائي و «نجاة العباد في يوم المعاد» لصاحب الجواهر؛ ولكن على أيّة حال فإنّ هذه الكتب كانت بحدود معيّنة ومختصرة، وأحياناً تخصّصيّة في مضمونها وغير قابلة للاستفادة من قِبل عامّة الناس. ولكن في هذه المرحلة فإنّ‌