خلیفه سلطان در قم به ادامه تحصیل پرداخته و عمر را به عبادت و تدریس گذرانید تا آن که شاه عباس دوّم به سلطنت رسید. پس از اینکه وزیر او ساروتقی به قتل رسید، بار دیگر خلیفه سلطان از طرف شاه عباس دوّم به وزارت منصوب شد و 8 سال در این منصب باقی بود. عاقبت پس از فتح قندهار و حرکت اردوی شاه به مازندران، او که در رکاب شاه بود، در شهر اشرف در روز سه شنبه 10 جمادی الاولی 1064ق وفات یافت. پیکرش به نجف حمل شده و در کفشداری ایوان حرم مطهر حضرت علی علیه السلام مدفون شد.

او طبع شعر داشته و اشعاری از او به جای مانده است. این شعر از اوست:

افسوس که عمر بیهوده گشت تلف

دنیا به تعب گذشت و دین رفت ز کف

رنجید خدا و خلق راضی نشدند

ضایع کرده ایم پاره ای آب و علف[1]

این کتابها از تألیفات اوست:

1. «آداب الحج»، به فارسی 2. «انموذج العلوم» که نسخه ای از آن به شماره 800/5 در کتابخانه مدرسه مروی تهران موجود است. [2] 3. «ترجمه تقویم البلدان» تألیف: اسماعیل ایوبی، به فارسی و به نام شاه صفی، موجود در کتابخانه ملک در تهران [3] 4. «تعلیقه بر من لایحضره الفقیه» 5. «توضیح الاخلاق» که آنرا به دستور شاه صفی از روی کتاب «اخلاق ناصری» تألیف: خواجه نصیرالدّین طوسی، به زبان ساده و روان بازنویسی شده و به شماره 2984 در کتابخانه مرکز احیاء میراث اسلامی در قم موجود

[1] ریاض العلماء، ج2، صص 55-51؛ روضات الجنّات، ج2، ص337؛ الکنی و الالقاب، ج2، صص 319 و 320؛ فوائد الرضویه، ج1، ص159؛ معجم المؤلفین، ج6، ص292؛ ریحانه الادب، ج3، ص56؛ تذکره نصرآبادی، ج1، صص 23 و 24؛ آثار الشیعه، ج4، صص 99-97؛ وقایع السنین و الاعوام، ص519؛ لباب الالقاب، ص23؛ شمس التواریخ، صص 13 و 14؛ طرائق الحقائق، ج3، صص 164 و 165؛ الاصفهان: رجال و مشاهیر، صص 219 و 220؛ رجال اصفهان (دکتر کتابی)، ج1، صص 14-12؛ تاریخ اصفهان (جابری)، ص335.

[2] فهرست مروی، ص308.

[3] فهرست ملک، ج2، ص129؛ فهرستواره کتابهای فارسی، ج1، ص185.