اصفهان به تحصیل پرداخت. در شعر و ادب استاد بود و خطوط مختلف را خوش می نوشت و از حکمت، نجوم، هیئت، ادبیات عرب، منطق و فقه و حدیث با بهره بود. شاه عباس ثانی او را اکرام و احترام می کرد و میرزا محمّد باقر سالها در امور دیوانی به خدمت مشغول بود و پس از فوت برادرش میرزا محمّد شفیع، وزیر سرکار قورچیان شد. [او صاحب مال و مکنت فراوان بود و آثار خیریه همچون تکایا، حمام، مساجد و مساکن بسیاری را احیا کرد و مزرعه ای به نام خویش به نام «باقرآباد» احداث نمود. خوشبختانه وقف نامه آثار موقوفه میرزا باقر به تاریخ 17 جمادی الثّانی 1085ق موجود است. هرچند آثار موقوفه اغلب از بین رفته و یا به مرور زمان به تصرف غاصبین موقوفات درآمده است.

او در سوارکاری و تیراندازی و جنگاوری بسیار چابک و ماهر بود. سرانجام در قزوین وفات یافته و پیکرش به مزرعه «باقرآباد» از توابع «بُرز رود» نطنز منتقل و به خاک سپرده شد و مدتی بعد استخوان های او را به نجف اشرف برده و به خاک سپردند.

باقر نطنزی، مانند اغلب شعرای آن زمان پیرو سبک هندی بوده و با شاعران عهد خویش صائب تبریزی، میرزا طاهر وحید قزوینی، میرزا محمّد سعید حکیم و دیگران مراوده و مشاعره داشته است. دیوان اشعار او با عنوان «دیوان میرزا محمّد باقر حسینی» در سال 1369ش با ویرایش دکتر میرجلال الدّین کزّازی به چاپ رسیده است.]

این شعر از اوست:

پیش من خیره نظر بر رخ جانان کردن

تیشه بر صورت شیرین زدن فرهادست[1]

[1] تذکره نصرآبادی، ج1، ص98؛ نتایج الافکار، ص118؛ تذکره حسینی، ص72؛ تذکره شمع انجمن، ص125؛ تذکره آتشکده (بخش سوم از نیمه نخست)، ص926؛ تذکره غنی، ص24؛ دیوان میرزا محمّد باقر حسینی، صص18-8؛ میراث فرهنگی نطنز، ج2، ص 125-122.