پناه برد و در آنجا به دلیل تسلط به زبان عربی، ترکی و فرانسوی در مدرسه ایرانیان استانبول به تدریس پرداخت. میرزا حبیب با شیخ احمد روحی و یاران او معاشرت داشت و طرفدار آزادیخواهان ایران بود.

دولت عثمانی او را به عضویت انجمن معارف منصوب کرد، اما به خاطر بدگوئی بدخواهان از خدمت برکنار شد ولی بعد از یک سال و نیم به التفات سلطان، به خدمت بازگشت.

عمده شهرت حبیب اصفهانی به خاطر ترجمه فارسی داستان «حاجی بابا اصفهانی» نوشته «جیمز موریه» منشی سفارت انگلیس در ایران است. نثر او در این ترجمه استادانه و مسلط به زبان و ادب فارسی است که آن را شیرین و دلپذیر ساخته است.

میرزا حبیب در سال 1311ق بیمار شده و جهت معالجه با آبهای معدنی به «بورسا» رفت و سرانجام در سال 1315ق درگذشت و در گورستان «چکرگه» در پای کوه «اولوداغ» به خاک سپرده شد.]

این کتاب ها از اوست:

1. «برگ سبز» 2. «دستان فارسی» راجع به دستور زبان فارسی 3. «دستور سخن» 4. «راهنمای فارسی» 5. «غرایب عقاید ملل» [6. تصحیح «دیوان اطعمه سحاق اطعمه شیرازی» مطبوع 7. «منتخب کلیات عبید زاکانی» 8. «تصحیح دیوان البسه قاری یزدی» مطبوع 9. «خط و خطاطان» 10. «رهبر فارسی» 11. ترجمه «مردم گریز» نوشته: مولیر 12. «دیوان اشعار» 13. ترجمه «حاجی بابای اصفهانی» نوشته: جیمز موریه، مطبوع 14. ترجمه «سرگذشت ژیل بلاس» نوشته: آلن رُنه ساژ 15. «ایرنامه» نسخه خطی کتابخانه دانشگاه استانبول ترکیه 16. «منتخب اللّطائف» 17. «منتخب النّفائس»

این شعر از اوست:

دیشب به رقص برخاست، آن فتنه نشسته

یک دل درست نگذاشت، با طُرّه شکسته