سامرا شد و در درس میرزا محمّد حسن شیرازی حضور یافت. از دیگر اساتید او پدر دانشمندش شیخ محمّد باقر نجفی بوده است.

او پس از اتمام تحصیلات خود به اصفهان بازگشت و پس از وفات پدر به جای وی به اقامه نماز جماعت در مسجد شاه [مسجد امام فعلی] و تدریس، قضاوت و اجرای حدود شرعی پرداخت. از مجلس درس ایشان صدها عالم و فقیه گرانقدر بهره گرفته اند [مرحوم مهدوی مؤلف کتاب حاضر در کتاب دیگر خود تاریخ علمی و اجتماعی اصفهان اسامی بیش از 88تن از شاگردان آقانجفی را ذکر نموده اند.]

از اقدامات مهّم او مقابله با فرقه های ضالّه بود که باعث احضار ایشان به تهران در سال 1307ق گردید. پس از به دست گرفتن انحصار توتون و تنباکو توسط کمپانی رژی، در ایران، آقا نجفی و برادرش شیخ محمّد علی ثقهالاسلام حکم تحریم استعمال تنباکو را صادر کردند و بقیه علماء نیز از آن حمایت کردند تا آن که میرزای شیرازی حکم تحریم تنباکو را صادر کرد.

همچنین در جهت تحریم کالاهای بیگانگان و رونق دادن به محصولات وطنی، عدّه ای از بازرگان خوشنام و متدیّن اصفهان شرکت اسلامیّه را تأسیس کردند که آقانجفی و برادرش حاج آقا نوراللَّه نجفی از اقدام آنها حمایت کردند.

در جریان مبارزات مشروطه خواهی نیز او در کنار برادرش حاج آقا نوراللَّه در تشویق مردم به مبارزه با استبداد نقش اساسی داشت. امّا با انحراف یافتن جریان مشروطه و دستگیر شدن شیخ فضل اللَّه نوری، می خواست به تهران برود تا از اعدام شیخ جلوگیری کند امّا موفق نشد.

او در اصفهان و اطراف آن دارای ثروت فراوان بود و این ثروت را صرف تربیت شاگردان و رفع نیاز نیازمندان و فقراء و ترویج دین نمود. او بذله گو و حاضر جواب، زیرک و تیزهوش و با سیاست بود و حکایاتی در این باب از او نقل شده است.

آقانجفی پشت و پناه مردم در برابر زورگوئی ها و تعرّضات ظلّ السّلطان به مردم بی گناه بود و نفوذ کلمه و قدرت معنوی او باعث می شد ظلّ السّلطان حاکم ستمگر و