در زمان حیات مرحوم سیّد بسیاری از ادباء و شعراء در مدح و بیان اوصاف او قصاید و اشعار زیبائی سروده اند که اغلب آنها را میرزا محمّد علی وفای زوّاره ای در کتاب «تذکره مآثر الباقریّه» گردآوری نموده است.

عاقبت وی در روز یکشنبه 3 ربیع الثّانی 1260ق بر اثر بیماری استسقاء وفات یافت. شاگردش ملّا علی اکبر خوانساری او را غسل و کفن نموده و فرزندش حاج سیّد اسداللَّه بیدآبادی بر پیکر او نماز خوانده و او را در بقعه ای مخصوص در مسجد سیّد مدفون ساختند و سال ها بعد جمعی از فرزندان، احفاد و نزدیکان او در آن بقعه مدفون شدند.

حاج عبدالرحیم فسائی متخلّص به «عشرت» مادّه تاریخ وفات سیّد حجّهالاسلام شفتی را چنین سروده است:

سال تاریخ وفاتش خواستم

گفت عشرت «حجّت دین شد تمام»

ایشان کتب بسیاری تألیف نموده که از آن جمله است:

1. «تحفه الأبرار» 2. «مطالع الأنوار فی شرح شرایع الإسلام» 3. «سؤال و جواب» 4. «الزّهره البارقه» 5. «الحلیه اللّامعه» 6. «الرسائل الرّجالیه»[1]

[1] بیان المفاخر، (2جلد)؛ دانشمندان و بزرگان اصفهان، ج1، صص 375-373؛ رجال اصفهان یا تذکره القبور، صص 153-149؛ مزارات اصفهان، ص163؛ روضات الجنّات، ج2، ص96؛ قصص العلماء، صص 134 و 166-149؛ تذکره العلماء، صص 215-213؛ الاصفهان (رجال و مشاهیر)، صص 262-255؛ لباب الألقاب، صص 70 و 71؛ بغیه الطالب، ص171؛ هدیه الأحباب، ص140؛ فوائد الرضویه، صص ؛ الکنی و الألقاب، ج2، ص173؛ الکرام البرره، ج1، صص 196-192؛ الذّریعه: مجلدات مختلف؛ ریحانه الأدب، ج2، ص26؛ معجم المؤلفین، ج9، ص96؛ تاریخ اصفهان (جابری)، صص 311 و 312؛ رجال اصفهان (دکتر کتابی)، ج1، صص 111-100؛ مکارم الآثار،ج5، ص 1620-1614؛ وفیات العلماء، صص 164-162.